1942年，面临生死存亡的时刻，聂毓禅多方联系道济、同仁、妇婴、中和等医院，详细记录了每位学生所缺的理论课和实习时数，寄给安置学校，请老师们补课。最终三个年级的护校学生和进修生不仅完成了学业，还参加了毕业会考。

1943年春，聂毓禅以惊人的魄力和毅力，带领护校全体师生离开沦陷区，在极端困难的条件下经过两个月的艰辛跋涉来到当时国民政府所在地重庆，与协和董事会研究后，在成都复建协和护校。当时的华西坝也成为全国医学院校转移聚集的大后方。即使成都的教学条件比不上北平，协和护校仍丝毫不降标准。王琇瑛作为学校当时的教务处主任，为了挑选学生公共卫生的实习基地，深入四川山区腹地，与当地彝族居民同吃同住，深入了解当地居民的卫生习惯。学校同时给学生安排了大量的理论联系实际的实习机会，学生从一年级开始便去华西大学新建的医院实习，每一天的课程都排得满满当当。1943年至1946年，协和护校在成都共招收三班学生约50名，还举办了一届两年制的进修班。得知协和护校艰难的内迁旅途，身在纽约的协和董事会成员们也是唏嘘不已，称此为“漫长、艰险，原本只有男人才能完成的行程”。

协和护校师生在成都合影，前排左七为护校校长聂毓禅

协和停办后，相当一部分医护员工来到北平的中和医院、儿童医院、道济医院，天津的恩光医院、天和医院等，把协和的优良传统、办学经验带到各地。

1942年初，谢元甫、钟惠澜、关颂韬、孟继懋、卢观全、林巧稚、司徒展、罗宗贤、胡正详、谢志光等协和名医相继到北平中和医院（现北京大学人民医院）行医执教，带去了曾宪九、周华康、冯传汉、胡懋华、吴阶平等一批青年医生，引入协和的医学教育临床实习制度以及协和的护理制度，促进了中和医院的改组，使这所护理工作由法国修女代理的医院拥有独立的护理部和现代化的组织结构。

1944年，在北平中和医院工作的协和妇产科同仁合影。前排右起：王文彬、林巧稚、葛秦生

同年，协和医生诸福棠、吴瑞萍和邓金鍌在北平创建私立儿童医院，医院借用吴瑞萍父亲的一座小楼房，最初仅有6张病床，全部工作人员13人。后来协和高级护士刘静和、龙乘云也加入。经过多年的发展，这座医院后来成为中国儿科界的翘楚——北京儿童医院。

1942年，施锡恩、卞万年、金显宅等医生先后来到天津，在陈善理创建的恩光医院工作。他们充实了原有的妇产科，增设了内科、儿科、外科、泌尿科、耳鼻喉科和牙科，使恩光医院成为当时天津为数不多的科室齐全的综合医院。

1947年，在天津天和医院工作的协和同仁合影，前排左四为邓家栋

1943年，正在美国进修的吴英恺毅然回国，冒着生命危险辗转两个月到达重庆，先后在重庆中央医院和天津中央医院创建外科。

抗战期间，协和人不仅在战场上救死扶伤，在医院尚未停办时，还秘密收治地下党员，他们为保存协和病案、协和图书馆等珍贵资料不惜以身试险，为国家保存和培养医疗卫生人才作出了自己的贡献。

教育部和卫生部接管 协和获新生

正是一代代协和人的共同努力，使中国医学高等教育没有因战争影响而中断。

1948年协和复院后，中共北平城市工作部学委通过各种方式进入协和开展工作。1948年9月，地下党员联系协和的学生和职工成立了“秘密读书会”，组织学习《新民主主义论》等文件，积极宣传中国共产党的政策。新中国成立前夕，读书会改为“协新社”，成员包括全体地下党员及党外积极分子。

1948年12月，中国人民解放军包围了北平、天津等地区。地下党员带领党外积极分子将《中国人民解放军平津前线司令布告》《告北平同胞书》译成英文，通过邮局寄给医学院院长李宗恩，医院院长李克鸿，美方代理人福美龄、知名教授林巧稚、张鋆、张锡钧、胡正祥等人。他们发信给知名教授，请大家留下为祖国工作；还通过师生、朋友等关系，说服要走、动摇的人留下来；组织人员保护学校的财产设备，保护这所高等学府。

1949年1月31日北平和平解放，协和因属美国财产没有被新政府立即接管。1949年2月，中共北京市委大学部建立协和医学院第一届党支部，5月1日，工会成立。8月，协和地下党组织公开，党外积极分子均转为共青团员或继续培养发展为共产党员。10月7日，协和举行了返校日大会，中央政府教育部长马叙伦出席并讲话，希望协和以高质量的医疗服务和医学教学继续造福人民。

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